Kinh tế Borneo dựa chủ yếu vào nông nghiệp, khai thác gỗ, khai mỏ, dầu khí và du lịch sinh thái.[118] Kinh tế Brunei phụ thuộc cao độ vào lĩnh vực sản xuất dầu khí, và quốc gia này là một trong các nước sản xuất dầu lớn nhất tại Đông Nam Á. Các bang Sabah và Sarawak của Malaysia đều đứng đầu về xuất khẩu gỗ.[118] Sabah còn có tiếng về sản xuất cao su, ca cao và rau, cùng với ngư nghiệp. Sabah và Sarawak đều xuất khẩu khí đốt hoá lỏng và dầu mỏ. Tại khu vực Borneo của Indonesia, kinh tế hầu như dựa vào lĩnh vực khai mỏ, song cũng có khai thác gỗ và dầu khí.[118]